Запускаем Pakrat.exe (найдёте ниже), выбираем нужную карту:

Потом в открывшемся окне нажимаем кнопку Auto а затем Yes:

После проделанных операций идём в меню File -> Save BSP -> и нажимаем Save соглашаемся с заменой:

Ели что то не то запаковалось всегда можно восстановить прежнюю карту, она будет находится вместе с текущей картой и называться mapname.bsp.bak.
Но ели у вас серьёзный проект и имеет белее 1000 файлов, нужно работать с двумя программами Мan и Pakrat, так как Pakrat попросту не справляется.
С начала запускаем Мan (найдёте ниже), и указываем путь к папке с вашей игрой (для которой вы делали карту):


Затем открываем саму карту File -> Read and scan BSP..:

И дожидаемся завершения работы программы, об этом внизу просигнализирует надпись done:

Потом по предыдущему примеру:
Запускаем Pakrat.exe, выбираем нужную карту:

Потом в открывшемся окне нажимаем кнопку Auto а затем Yes:

После проделанных операций идём в меню File -> Save BSP -> и нажимаем Save соглашаясь с заменой:

Потом советую закрыть программу, и запустить её заново указав нашу карту.
Но в этот раз оставшиеся файлы мы добавим вручную нажимаем кнопочку Add выбираем нужные файлы можно сразу несколько, и жмём Open :

Посмотреть какие файлы не добавились автоматически, можно с помошью программы GCFScape, открыв в ней карту обработанную Man-ом):

После того как добавили все нужные файлы вручную жмём File -> Save BSP -> и потом Save соглашаясь с заменой:

Вот и всё, теперь все ресурсы карты вшиты прямо в неё! (туда же можно добавить mapname.txt и mapname.nav).